Nastavni plan i program Škole usklađen je sa zakonima Republike Hrvatske te se po završetku srednjeg školovanja svaki učenik može uspješno upisati na fakultete u Hrvatskoj i inozemstvu. Posebnu dimenziju našoj Školi daje duhovni i odgojno-obrazovni program.
U programu Škole naglasak je stavljen na one sadržaje koji se odnose na kulturno ujedinjenu i jedinstvenu Europu sa zajedničkom rimsko-antičkom kulturnom tradicijom, zajedničkim duhovnim svijetom kršćanstva te zajedničkim srednjovjekovnim latinskim jezikom. Zbog toga je potrebno poznavanje klasičnih jezika te su u obrazovnom programu klasičnoga usmjerenja obvezni predmeti latinski i grčki jezik s književnošću kroz sve četiri godine. Latinski jezik je crkveni jezik i osnova ostalim europskim jezicima, a bio je i stoljetni službeni jezik hrvatske prošlosti i zato se posebno njeguje u našoj školi, a grčki daje drugu dimenziju klasične naobrazbe obogaćujući učenike novom kulturnom i jezičnom tradicijom. Time se stječe značajna prednost za studij onih znanstvenih disciplina koje se bave istraživanjem europske i hrvatske znanstvene i kulturne baštine.
Od školske godine 2018./2019. škola provodi i program opće gimnazije za sportaše, u svakoj generaciji po jedan razredni odjel. Ovim programom pruža se mogućnost mladim perspektivnim sportašima lakše usklađivanje školskih i sportskih obaveza kako bi uz znanje u školi, uspješno rasli i u sportskim karijerama. Ovaj program također pohađaju učenici Glazbene škole Slavonski Brod koji u našoj školi pohađaju općeobrazovne predmete.
Važan čimbenik u odgoju mladih danas je vjera koju provlačimo u radu kroz oba programa, i klasični i opći za sportaše. Zadaća nam je odgojiti mlade za zreli kršćanski život pa prednost dajemo odgojnoj dimenziji, i to onoj specifičnoj za katoličke škole, a slijedi ju i obrazovna. Zbog toga u programu Škole vjeronauk zauzima središnji dio odgoja učenika te se kroz njega stvara poseban odnos između učenika i profesora.
Naš je odgojno-obrazovni rad naše poslanje koje, otvorivši vrata svakome, s ljubavlju ostvarujemo za Crkvu u hrvatskom narodu, za naš Slavonski Brod i našu Slavoniju. Molimo dragoga Boga i našega zaštitnika sv. Franju da nas vodi i da nam bude zaštita u svim nevoljama i poteškoćama.